的人为漕兵，限额两千，主要负责粮食运输、重要码头的治安管理和河流疏通治理等。
后因总司设在巨望县，对大运河和北江水域鞭长莫及，无法实施有效管理，逐又增设两分司分别位于南江与大运河交汇处和北江与大运河交汇处，由正四品副转运使坐镇，下设若干佐官，和总司一样各招募漕兵一千五，算缩小版的总司，且为总司所管辖。
高宗时期，北江几度泛滥，漕运司既要管运输等，又要管河道梳理治理，分身乏术，转运使便多次上奏高宗，高宗体恤官员，就又增设了河道司，将漕运司位于北江的河道治理权分给了河道司，让北江的运输和治理彻底分了家，河道司亦招募漕兵，全国漕兵最多时，达到近两万人，直到武宗为平息叛乱减轻国库负担裁减人员，才降到一万多。
漕运司和河道司都不属于六部或者其他衙门，而由皇帝直接管辖，定期向皇帝汇报，两司经费为国库定向开支之一，每年纳入预算，按季拨付。
自高宗时期多次治理北江后，北江便极少发生大规模泛滥，最多殃及河岸附近村庄良田，再也没有发生一下淹没若干省县的大洪灾，石忞几经考虑便于去年撤销了河道司，官员和漕兵归于漕运司，并加以精简，现在在岗官员百余人，胥吏四百余人，在编漕兵约七千余人。
河道疏通治理之权任归漕运司，又恢复到了太宗时期的集运输与治理于一体，只是人员比之前多了一些，但比起中期的开支来说，算是节约不少。
因为漕运司和其他衙门都不同，是专业性的衙门，官员也都是慢慢培养起来的，只熟悉漕运河道事物，对政务处理经验比较匮乏，基本上升到转运使也就到头了，石忞便变着法的把转运使和副转运使的品级提升了一下。
转运使挂工部尚书衔，正二品，副转运使挂工部左侍书衔，正三品，其他的佐官也都适当提了提级。挂衔不是实职，就是个虚衔，但按照就高不就低的原则，只要挂的衔比实际职位高，那就可以按挂的衔来享受俸禄等待遇。意思是
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